iPhone 5でいつからかこのポップアップがでるようになっていた。
「プッシュ通知を使用するには、iTunesに接続します。」
「OK」を押すと消えていたので特に気にしないでいたが、
Runkeeperだけは消えず、使えないまま。
iOS7にアップデートすれば治るんじゃないかと期待していたけど、状況は変わらず。
思い切って「リセット」して復元したらバッチリ治りました!!
作業手順
1、iPhoneをバックアップ。
iPhoneをiTunesにつないでローカルコンピュータにバックアップ。

2、iPhoneをリセット
(1)iPhoneの「設定」をタップ
(2)設定画面が開いたら「一般」をタップ
(3)次の画面で「リセット」をタップ

(4)次の画面では「すべてのコンテンツと設定を消去」をタップ

(5)「iPhoneを消去」をタップ

3、バックアップを復元
iPhoneをiTunesにつないで、先ほどバックアップしたデーターを復元

これで完了です。